Η τραγωδία αρχίζει με την Ελένη να είναι ικέτιδα στο μνήμα του Πρωτέα. Εξιστορεί τα δεινά της και προσπαθεί να αποφύγει τον Θεοκλύμενο που την πιέζει να τον παντρευτεί. Εκεί την συναντά ο Τεύκρος, ο γιος του Τελαμώνα, ο οποίος ταξιδεύοντας για την Κύπρο περνά από την Αίγυπτο για να πάρει χρησμό από την κόρη του Πρωτέα, Θεονόη που είχε προφητικές ικανότητες. Ο Τεύκρος, λοιπόν, δίνει πληροφορίες στην Ελένη σχετικά με την οικογένειά της και τον Μενέλαο. Της λέει μάλιστα ότι πληθαίνουν οι φήμες ότι ο άνδρας της έχει πεθάνει. Έτσι, εξανεμίζεται και η τελευταία ελπίδα της  να επιστρέψει ζωντανή με τον Μενέλαο στη Σπάρτη. Έτσι, η ηρωίδα με τις Σπαρτιάτισσες γυναίκες που αποτελούν τον Χορό θρηνεί για την τύχη της.
Ξαφνικά, εμφανίζεται ρακένδυτος και ναυαγός ο Μενέλαος, ο οποίος αφού απαριθμεί τα δεινά του, αποκαλύπτει ότι τη γυναίκα του την έκρυψε στο βάθος μια σπηλιάς μαζί με άλλους ναυαγούς. Μη γνωρίζοντας που βρίσκεται, πλησιάζει το παλάτι ζητώντας τρόφιμα και βοήθεια.
Η γριά θυρωρός που τον υποδέχεται τον προτρέπει να φύγει το γρηγορότερο, καθώς ο Θεοκλύμενος έχει βγάλει εντολή ότι θα θανατώνεται όποιος Έλληνας φτάσει στη χώρα του, γιατί μισεί τους Έλληνες εξαιτίας της Ελένης. Φυσικά ταράζεται στο άκουσμα του ονόματος της Ελένης και προβληματίζεται για τη σχέση αυτής της γυναίκας που είναι στην Αίγυπτο και της «δικής» του που είναι κρυμμένη στη σπηλιά. Οι γυναίκες του Χορού αναγγέλλουν χαρμόσυνα ότι ο Μενέλαος ζει και ότι μάλιστα βρίσκεται ναυαγός στις όχθες του Νείλου.
Στη συνέχεια έχουμε την πρώτη συνάντηση του ζευγαριού, όπου η Ελένη τρομάζει στην παρουσία του «άγνωστου» άνδρα και σπεύδει να κρυφτεί στο μνήμα του Πρωτέα. Ο Μενέλαος διαπιστώνει την ομοιότητα αυτής της γυναίκας με αυτήν της "Ελένης" στη σπηλιά και σαστίζει. Κατόπιν η Ελένη αναγνωρίζει τον άνδρα της, τον Μενέλαο και προσπαθεί να τον πείσει ότι αυτή είναι η πραγματική του γυναίκα και ότι αυτή που έχει μαζί του είναι ένα φάντασμα. Η δυσπιστία του Μενέλαου διαλύεται όταν ένας πιστός του σύντροφος και φύλακας της Ελένης στη σπηλιά (ΑΓΓΕΛΙΟΦΟΡΟΣ), έρχεται να αναγγείλει την εξαφάνιση της γυναίκας που είχαν εντολή να φυλάνε.  Έτσι, έχουμε την αναγνώριση της Ελένης από τον Μενέλαο.
Οι δύο σύζυγοι εκφράζουν τη χαρά και την ανακούφιση τους για τη συνάντησή τους. Η Ελένη εξηγεί στη συνέχεια ότι ο μόνος τρόπος για φύγουν ζωντανοί από την Αίγυπτο είναι να παρακαλέσουν τη Θεονόη να κρατήσει μυστικό τον ερχομό του Μενέλαου, γιατί διαφορετικά κινδυνεύει από τον Θεοκλύμενο. Αφού έπεσε η Ελένη στα πόδια της ως ικέτισσα και εξασφάλισε τη σιωπή της Θεονόης, καταστρώνουν το σχέδιο της διαφυγής τους.
 Η Ελένη ζητά από τον Θεοκλύμενο να της παραχωρήσει ένα καράβι για να ανοιχτεί στο πέλαγος, ώστε να αποδώσει, ως όφειλε βάσει των εθίμων, τις νεκρικές τιμές στον νεκρό της άνδρα. Έτσι, καταφέρνουν να δραπετεύσουν οι δύο σύζυγοι.
Όταν βέβαια το μαθαίνει ο Θεοκλύμενος είναι έτοιμος να σκοτώσει τη Θεονόη, αλλά τελικά μεταπείθεται και το δράμα κλείνει ειρηνικά.